از جمله عوارض درمان طولانیمدت با مهارکننده پمپ پروتون، سوءجذب موادمعدنی (بهخصوص کلسیم و منیزیم) است. از دست رفتن این مواد معدنی به شکستگیهای استخوانی و مشکلات قلبی منتهی میشود. مصرف طولانیمدت مهارکننده پمپ پروتون، با افزایش خطر پوکی استخوان مرتبط است (افزایش 35 درصدی خطر شکستگی). کلسیم نقش مهمی در سلامت و شکلگیری استخوان ایفا میکند و نیز عنصر اصلی در هیدروکسی اپتایت (عنصر اصلی و ساختمانی در استخوان) است. توده استخوانی، منبع اصلی ذخیره کلسیم است و بیش از 99 درصد از کلسیم بدن در آنجاست. جذب کلسیم موجود در رژیم غذایی وابسته به اسیدی بودن لوله گوارش است. بهدلیل کاهش اسیدیته ناشی از اثر مهارکنندههای پمپ پروتون، جذب استخوانی کاهش مییابد. این کاهش در جذب کلسیم، به کاهش فعالیت استخوانسازی و تراکم استخوانی منتهی میشود.
 مطالعات متعددی ارتباط میان مصرف طولانیمدت مهارکننده پمپ پروتون و خطر شکستگی را نشان دادهاند. وجود فاکتورهای خطرساز معمول در شکستگیهای استخوانی (نظیر زندگی بیتحرک و مصرف همزمان دیورتیکهای تیازیدی، هورمون درمانی جایگزین و کورتیکواستروییدها) در مصرفکنندگان طولانیمدت مهارکنندههای پمپ پروتون مورد بررسی قرار گرفتهاند. به علاوه، بیماران دریافتکننده دوز بالای مهارکنندههای پمپ پروتون در مقایسه با بیمارانی که دوز غیرنسخهای این داروها را مصرف میکنند در معرض خطر بیشتری هستند.
 FDA هشداری را در مورد ارتباط میان سطح پایین منیزم سرم و مصرف طولانیمدت مهارکنندههای پمپ پروتون منتشر کرده است. این عارضه، یک درصد از تمام موارد عوارض جانبی گزارش شده به FDA را شامل میشود. علائم هایپومنیزیمی عبارتند از تشنج، آریتمی، افت فشارخون و تتانی. در دستورالعمل 2013 کالج گوارش آمریکا، به هایپومنیزیمی مرتبط با مصرف مزمن مهارکنندههای پمپ پروتون اشاره نشده است.