جراحی کودکان در ایران نیز حدود 40 سال عمر دارد و سه دوره را در بر میگیرد. قبل از 1350 شمسی جراحی کودکان به طور رسمی وجود خارجی نداشته و کودکان گرفتار بیماریهای مادرزادی و اکتسابی عمدتاً در بخش های جراحی عمومی توسط جراحان بزرگسال عمل میشدهاند. دوره طلائی تولد و رشد جراحی کودکان دهه 1350 است. در این سالها برای نخستین بار عدهای از ایرانیان که در غرب آموزش جراحی عمومی و جراحی کودکان دیده بودند به کشور مراجعه و در تهران و در بعضی از شهرستانها ابتدا شروع به انجام جراحی کودکان در بخشهای جراحی عمومی کردند.
تا قبل از پیروزی انقلاب بخشهای جراحی کودکان تهران و مراکز استانها به امر درمان کودکان بیمار و آموزش دانشجویان پزشکی و دستیاران مشغول بودند. تا اینکه در سال 1359 با تلاشهای ولیاله محرابی، وزارت علوم وقت مجاب شد که جراحی کودکان یک رشته مستقل بوده و نیاز به تربیت گروه جدیدی از جراحان برای این رشته است. با این توافق از 1359 بیمارستانهای بهرامی، طالقانی و مرکز طبی کودکان شروع به گزینش دستیاران فوقتخصص جراحی کودکان از بین متخصصین جراحیعمومی داوطلب کردند. بهطوریکه اولین فارغالتحصیل این رشته در ایران در سال 1361 موفق به دریافت دانشنامه فوقتخصصی شد.
در سال 1372 نیز منوچهر امیرفیض با کمک خالصی، واعظ زاده و جواد احمدی مجوز تاسیس انجمنجراحانکودکان را دریافت و انجمن در این سال شروع به فعالیت علمی کرد بطوری که پابپای جامعه جراحان ایران در هر سال کنگره سالانه برگزار شده و هر ماه هم کنفرانس ماهانه با کمک جراحان کودکان برگزار میکند. انجمن جراحان کودکان ایران عضویت جامعه جراحان کودکان آسیا و فدراسیون جهانی انجمنهای جراحان کودکان دنیا را نیز بهدست آورده است.
جراحان کودکان ایران علاوه بر فعالیتهای درمانی در سطح مطلوب و همطراز با دنیا پیشرفت کرده و در زمینههای پژوهشی هم فعال بوده و در کنگرههای علمی داخلی و خارجی شرکت و سخنرانی کردهاند. عدهای از اعضای انجمن و هیات علمی دانشگاهها نیز در هیات برد فوق تخصصی وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی مشغول انجام وظیفه هستند.