موضوع اختصاص بودجه نهادهای مختلف به امر پژوهش همواره جزو مسائل مناقشه برانگیز بوده است یعنی در اغلب موارد یا بودجه ای که به این موضوع اختصاص پیدا کرده بسیار ناچیز بوده و یا مقدار بسیار کمی از آن توسط محققان وصول شده است. حالا قائممقام معاون تحقیقات وزیر بهداشت از تصمیمهای جدید برای اختصاص بودجه پژوهش در وزارت بهداشت خبر میدهد و میگوید: «از سالجاری برای اولین بار مقرر شده که علاوهبر 80میلیارد تومان اعتبارات امور پژوهشی، یک درصد از اعتبارات وزارت بهداشت نیز برای پژوهش هزینه شود.» شاهین آخوندزاده درباره چالش بعدی یعنی هزینه کردن بودجه پژوهش در امور دیگر هم میگوید: «عمده بودجه وزارت بهداشت، ماموریت خاص دارد و نمیتوان آن را در جای دیگری خرج کرد. بودجه CVR فقط پنج میلیارد تومان است و باتوجه به تعداد دانشگاهها نمیتوان رقم قابل توجهی را به یک دانشگاه داد اما براساس عملکرد برتر به دانشگاهها تخصیص داده میشود.»