در دوم اردیبهشت ماه ۱۳۳۸ در شهرستان گُتوند خوزستان متولد شد. دوران کودکی و تحصیلات ابتدایی را در زادگاهش گذراند و برای ادامه تحصیل به دزفول رفت. امینپور در سال ۱۳۵۷ دیپلم تجربی گرفت و سپس تحصیلات دانشگاهی خود را در رشته دامپزشکی در دانشگاه تهران آغاز کرد. وی در سال ۱۳۵۸ با انصراف از رشته دامپزشکی، به جمع دانشجویان علوم اجتماعی پیوست. قیصر امینپور مجدداً در سال ۱۳۶۳ تغییر رشته داد و تحصیلات خود را در رشته زبان و ادبیات فارسی دانشگاه تهران دنبال کرد و در بهمن ماه سال ۱۳۷۶ با دریافت مدرک دکترای زبان و ادبیات فارسی از دانشگاه تهران فارغ التحصیل شد.