محققان هلندی در مقاله‌ای که در نشریه mBio منتشر کرده‌اند، مدعی شدند مصرف یک دوره آنتی‌بیوتیک به اندازه کافی قوی هست که آرایش نرمال میکروارگانیسم‌ها را در روده به مدت یک سال مختل کند و همین امر، راهی است به سوی مقاومت آنتی‌بیوتیکی. در مطالعه جدید، پژوهشگران 66 فرد بزرگسال سالم را از انگلستان و سوئد که آنتی‌بیوتیک‌های مختلف دریافت کرده بودند، بررسی کردند. افراد شرکت کننده به‌طور تصادفی به دریافت یک دوره کامل از یکی از 4 آنتی‌بیوتیک زیر تقسیم شدند: سیپروفلوکساسین، کلیندامایسین، آموکسی‌سیلین یا ماینوسیکلین و دارونما. محققان سپس نمونه‌های مدفوع و بزاق افراد را در ابتدای مطالعه، بلافاصله پس از دریافت آنتی‌بیوتیک، یک، 2، 4 و 12 ماه پس از پایان درمان با آنتی‌بیوتیک جمع‌آوری کردند. آنها از روش توالی قطعه ژن 16S rRNA برای شناسایی وجود باکتری در این نمونه‌ها استفاده کردند. همچنین از روش توالی metagenomic shotgu- برای نشان دادن بیشترین تفاوت‌ها قبل و بعد از مصرف آنتی‌بیوتیک استفاده کردند تا بتوانند ظهور مقاومت باکتریایی را مطالعه کنند.

       نتایج حاکی از آن بودند که داروها توانسته‌اند ژن‌های مرتبط با مقاومت باکتریایی را تقویت کرده و تنوع میکروبیال روده را برای ماه‌ها پس از دریافت آنتی‌بیوتیک به شدت تحت تاثیر قرار دهند. برخلاف نمونه‌های مدفوع، میکروارگانیسم‌های بزاق مدت کوتاهی پس از پایان آنتی‌بیوتیک درمانی علامت بازگشت را نشان دادند. محققان به‌طور خاص مشاهده کردند که در فراوانی گونه‌های مرتبط با سلامت که برای تولید بوتیرات به کار می‌روند، کاهش قابل ملاحظه‌ای روی می‌دهد. بوتیرات، ماده‌ای است که التهاب را مهار کرده و از تشکیل سرطان و استرس در روده جلوگیری می‌کند. تنوع میکروبیوم در نمونه‌های مدفوع به‌طور قابل توجهی تا 4 ماه در شرکت کنندگانی که کلیندامایسین مصرف کرده بودند و تا 12 ماه در دریافت کنندگان سیپروفلوکساسین کاهش نشان داد. در مقابل، تنوع میکروبیوم حفره دهانی فقط به مدت 1 هفته پس از مصرف دارو مختل شده بود آموکسی‌سیلین تاثیری بر تنوع میکروبیوم روده‌ای و حفره دهان نگذاشته بود، اما باعث افزایش بیشتری در ژن‌های مقاومت‌دهنده به آنتی‌بیوتیک‌ها شده بود. بنابراین محققان در نهایت اینطور نتیجه‌گیری می‌کنند که آنتی‌بیوتیک‌ها فقط باید در زمانی که واقعا لازم هستند، تجویز و استفاده شوند. خوردن یک دوره درمان آنتی‌بیوتیکی در افراد سالم خط مقاومت باکتریایی را بیشتر می‌کند و تغییرات طولانی‌مدت در میکروبیوم روده‌ای ایجاد می‌کند.