اختلالات گوارشی متعدد، مراقبت از مبتلایان به فیبروز کیستیک را دشوار کرده است. البته، هر چند که این اختلالات بسیار شایعاند، ولی در این گروه از بیماران، دارودرمانیهای متفاوتی را میطلبند. بهدلیل موتاسیونهای ژنی کانال یون کلر و ضخیمتر شدن ترشحات مخاطی در بیماری فیبروز کیستیک، پانکراس و مجاری صفراوی مسدود میشوند. در نتیجه، به دنبال پس روی آنزیمهای گوارشی، به فیبروز کبد و پانکراس میانجامد. کاهش کلیرانس مخاطی و فیبروز کبد و پانکراس، در نهایت به فقدان آنزیمهای مربوطه به عملکردهای مختلف درونزاد و برونزاد و کمبودهایی بهویژه در چربیها و پروتئینها، همراه با ویتامینهای محلول در چربی میانجامد. عوارض مرتبط با پانکراس ممکن است بخشیشان توسط دارودرمانی برطرف شوند. همچنین، استفاده از مکملهای حاوی آنزیمهای پانکراس، ممکن است، به کاهش علائمی نظیر مدفوع چرب و درد شکمی کمک کند. تیتراسیون مکمل آنزیمی با مانیتورینگ پاسخدهی بیمار و میزان دفع مدفوع چرب تعیین میشود. مصرف آنزیمهای پانکراس در دوزهای بالای 10 هزار واحد بر کیلوگرم در روز لیپاز، با خطر کولونوپاتی فیبروزه شونده همراهند. بنابراین، تجویز دوزهای بالاتر از این میزان توصیه نمیشود. افزودن داروی آنتیاسید همراه با یک بلوککننده گیرنده هیستامین2 یا یک مهارکننده پمپ پروتون ممکن است با افزایش PH اسید معده، میزان آنزیمهایی را که در روده کوچک برای جذب لازماند: افزایش دهد. به بیمارانتان بگویید که قرصها یا کپسولها را خرد نکنند آنها را نجوند، اما میتوانند محتویات کپسول را به غذای اسیدی نرم اضافه کرده و میل کنند. شستشوی دهان بیمار بلافاصله پس از مصرف محتویات کپسولهای باز شده، بهویژه در گروه نوزادان، از زخمهای دهانی پیشگیری میکند.
مشکلات کبدی تا 70 درصد از بیماران را دچار میکند. شایعترین عارضه کبدی، استئاتوز کبدی است. بیماری کبدی معمولا در حدود سن بلوغ مشاهده میشود. درمان شامل به حداکثر رساندن اقدامات حمایتی نظیر استفاده از مکملهای تغذیهای و مانیتورینگ عوارض هایپرتانسیون پورت است. اورسودوکسی کولیک اسید، برای پیشگیری از عوارض بکار رفته است؛ اما یافتههای اندکی به نفع اثربخشی آن وجود دارد.