از آنجا که گزارش‌های متعددی در مورد افزایش خطر شکستگی‌های استخوانی به دنبال مهار طولانی‌مدت تولید و ترشح اسید معده وجود دارد، درمانگران و نیز بیماران باید در مورد خطر احتمالی ابتلا به پوکی استخوان، متعاقب درپیش گرفتن این رژیم‌درمانی آگاه باشند. مطالعات تحلیلی به بررسی ارتباط مستقیم میان مصرف مهارکننده‌های پمپ پروتون و کاهش تراکم استخوانی پرداخته‌اند؛ اما نتایج هیچ کدام در نهایت معنادار نبوده است. در یکی از این مطالعات، حتی پس از مصرف 10 ساله مهارکننده‌های پمپ پروتون، افت میزان توده استخوانی مشاهده نشد. در جدیدترین تحقیقات، سولومون و همکارانش نتایج به‌دست آمده از آمارهای مرکز ملی سلامت زنان آمریکا را تحلیل کرده‌اند. برای به حداقل رساندن خطا، آنها فقط موارد جدید دریافت‌کنندگان درمان‌های مهار اسید معده را وارد مطالعه کردند. همچنین، به‌طور همزمان به تحلیل اثرات هورمون‌درمانی جایگزین، در وضعیت تراکم استخوان این زنان پرداختند. هدف آنها مشخص کردن ارتباط میان مصرف مهارکننده‌های پمپ پروتون و آنتاگونیست‌های گیرنده هیستامین2 با تغییر در میزان تراکم استخوانی زنان در مرحله یائسگی بود. بر اساس مطالعه سولومون، این گروه درمان‌ها در زنان میانسال در آستانه یائسگی، باعث کاهش تراکم استخوان نمی‌شود. لوئیس و همکارانش نیز نتایج حاصل از دو مطالعه روی ارتباط میان مصرف طولانی‌مدت مهارکننده‌های پمپ پروتون و شکستگی‌های استخوان در زنان سالمند را بررسی کردند. اولین این مطالعات، گذشته‌نگر و دومی آینده‌نگر بود. نتایج مطالعه دوم، 51درصد افزایش موارد گزارش شخصی سقوط(درنظر گرفتن تمام علل) و کاهش قابل توجه سطوح سرمی سیانوکوبالامین در گروه دریافت‌کننده مهارکننده‌های پمپ پروتون را نشان داد. نویسنده مقاله چنین نتیجه گرفت که هر گونه ارتباطی که میان درمان با مهارکننده‌های پمپ و شکستگی مطرح باشد، مستقل از وضعیت ساختاری و تراکم استخوان است.